El 2 de Julio de 1940, el decreto legislativo No. 18 dio vida a la Ley de la Cédula  de Vecindad, mediante el cual, todo salvadoreño mayor de 18 años, residente en la república de El Salvador debía obtener un documento de identificación denominado Cédula de Vecindad. Esta ley estuvo vigente hasta el 10 de septiembre de 1959.

El 8 de diciembre de 1959 entró en vigencia la Ley de la Cédula de Identidad Personal Esta se comenzó a emitir el 1º. De Julio de 1960. Esta ley,   decretaba que todo salvadoreño mayor de 18 años debía estar provisto de una Cédula de Identidad Personal (CIP), siendo ésta el documento necesario y suficiente para establecer la identidad de la persona, en todos los actos públicos y privados en que se presentaba.

La Cédula de Identidad Personal era obtenida en la Alcaldía Municipal del domicilio del ciudadano. Su forma era pequeña libreta en la que constaban datos relativos a la persona.

Este documento de Identidad carecía de mecanismos de verificación y control de datos que proporcionaba la persona que la solicitaba. También   carecía de seguridad física en el documento, lo que se tradujo en la existencia de un documento poco confiable y no garantizado para la Identidad de los ciudadanos.

A partir de los Acuerdos de Paz de 1992 en El Salvador, se genera una nueva forma de convivencia pacifica y social sobre la base de la vigencia del  sistema democrático y del respeto al Estado de Derecho.

Por esto, el Estado salvadoreño tuvo la obligación de hacer que las personas naturales se encontraran identificadas y registradas fehacientemente.Por lo tanto, fue necesario crear una institución de alto impacto social que mediante la prestación de sus servicios reforzara los procesos electorales y además, garantizara la seguridad jurídica.

Por lo cual, el Estado salvadoreño acordó mediante el Decreto legislativo No. 488 del 27 de octubre de 1995, publicado en el Diario Oficial No. 227, tomo 329 con fecha 7 de Diciembre de 1995, la creación del Registro Nacional de las Personas Naturales y la creación del nuevo Documento Único de Identidad (DUI), el cual sustituyó plenamente a la Cédula de Identidad Personal. Además, por disposición legal, sustituyó al carné electoral, emitido por el Tribunal Supremo Electoral para el ejercicio de sufragio.

Uno de los objetivos que dicha reforma pretendía era la sustitución de la Cédula de Identidad, por el Documento Único de Identidad, permitiendo la construcción de padrones electorales más confiables.

Asimismo, la creación del RNPN perseguía modernizar la inscripción de los hechos y actos jurídicos de las personas naturales, utilizando tecnologías de información y facilitando la conservación y expedición de la documentación llevada en sus Sistemas.

El Registro Nacional de las Personas Naturales es una entidad de derecho público, con autonomía en lo técnico y en lo administrativo; para efectos presupuestarios se encuentra adscrito al Tribunal Supremo Electoral.

Su competencia abarca todo el territorio nacional en materia de Registro del Estado Familiar e Identificación ciudadana.